當美國進步派雜誌《新共和》(The New Republic)和保守派非營利全國學者聯合會(National Association of Scholars)也曾警告,孔子學院就是中共對美施加「軟實力作戰」的主要機構。
專欄作家費希(Isaac Stone Fish)曾在《新共和》撰文稱,一些美國大學將特定「會觸犯中國共產黨」的議題中過濾後才教給學生,比如1958年至1962年的大躍進導致3千萬至5千萬中國人死亡等禁忌話題,連頂尖的大學都無法免疫。哥倫比亞大學在北京的全球中心曾以「害怕觸怒中共官員」為由取消演講,北卡羅來納州立大學(North Carolina State University)取消達賴喇嘛訪問等。